普康公司是集科技、开发、生产、营销于一体的国家高新技术企业，具有较强的疫苗研究开发相关学科领域支撑体系。建立了以项目为单位的研发投入核算体系、研究部工作人员职务条例、研发项目立项管理制度，建有研发、技改人员绩效考核奖励制度，加大研发创新投入的力度，建立健全企业知识产权保护机制。为了顺应生物医药产业的发展趋势，集科研、成果转化、产业化为一体的主要科技创新载体，公司联合浙江省医学科学院共建医学生物工程疫苗重点实验室和浙江省医学重点学科群建设，有效提升了生物医药的支撑能力和生物医药企业的创新能力，为生物医药创新研制搭建了有效平台。

公司设有独立的研发部，从事新型疫苗的研发和工艺技术的革新。研发部采用科技项目立项，产学研相结合的方式在生物与医药领域进行新产品的研发。 研发部有专业技术人员30人，约占公司总人数的17%。其中中科院院士1人，高级职称12人，博士4人，硕士10人，海归人员4人，从事医学病毒学、疫苗学、生物技术、基因工程、流行病学等方面工作。

公司研发部拥有医学病毒学研究和实验的基本条件，有多个P2实验室。公司与复旦大学、中山大学、浙江大学、中国药品生物制品标准化研究中心、浙江省医学科学院等研究院校建立了良好的合作关系。

公司为鼓励原始创新，保护自主知识产权，进一步激励研发人员的发明创造和科技创新的积极性，提高研发水平，促进科技进步，制定出台了有关知识产权管理暂行办法，并有专人负责公司的知识产权管理的日常工作。公司采取了一系列有效措施，保护发明创造的专利权和发明人的合法权益，积极有效地组织专利申请，促进专利实施和推广应用。公司于2010年成功获得一项欧洲发明专利的授权，并通过PCT进一步在英国、法国、德国和瑞士等欧洲国家登记。目前，公司拥有国家发明专利21项，其中1项具有国际先进水平，3项具有国内领先水平。另申请国家发明专利4项。